Pikatesti elinkykyisten E. coli -bakteerien tunnistamiseen talousvedestä todettiin toimivaksi

Käyttöönotettu pikamittausmenetelmä perustuu E. coli -bakteerin RNA:n havaitsemiseen PCR-tekniikalla. Menetelmän kohdentaminen RNA:han mahdollistaa kohdebakteerin elävyyden arvioinnin, sillä RNA hajoaa nopeasti bakteerisolun kuoltua.

Hankkeessa validoitiin THL:n vesimikrobiologian laboratoriossa pikamittausmenetelmä, joka tunnisti E. coli -bakteerin hyväksyttävällä herkkyydellä ja spesifisyydellä talousvedestä ja analyysin läpimenoaika oli alle viisi tuntia. Tämän jälkeen valmisteltiin suomenkielinen menetelmäohje ja hankkeeseen osallistuneet laboratoriot perehdytettiin menetelmän vaiheisiin. Osallistuvat laboratoriot ottivat menetelmän käyttöön vuosien 2020–2021 aikana. Käyttöönoton jälkeen laboratoriot analysoivat menetelmällä putkirikkoihin ja muihin veden laadun ongelmatilanteisiin liittyviä vesi- ja talousvesinäytteitä. Osallistuvista laboratorioista kolme sai menetelmän onnistuneesti pystytettyä. Vaikka menetelmä koettiin nopeaksi ja herkäksi, pohdintaa aiheuttivat korkeat kustannukset ja suuri työajan tarve, eikä menetelmä päätynyt välittömästi hankkeen yhteydessä osaksi laboratorioiden analyysivalikoimaa.

Menetelmän jalkauttamistoimenpiteiden jälkeen THL osallistui Euroopan komission yhteisen tutkimuskeskuksen (The Joint Research Centre, JRC) järjestämään laboratorioiden väliseen vertailututkimukseen, jonka tarkoituksena oli saada lisää kokemusta E. coli -pikamittausmenetelmästä. Vertailututkimuksessa E. coli -bakteerien pikamittausmenetelmä todettiin nopeaksi, mutta sen herkkyys jäi viljelymenetelmää heikommaksi.

Hankkeen loppuraportti https://www.julkari.fi/handle/10024/148003